Biomimétisme et Image Processing.
Structure d’accueil : CEEBIOS et Laboratoire LIS (ISYEB au Museum National d’Histoire Naturelle).
Structure d’encadrement : CEEBIOS– Adrien Saint-Sardos et MNHN- Régine Vignes-Lebbe.
Lieu : Ceebios – 2 Place Maurice Quentin, 75001 Paris et/ou MNHN 57 Rue Cuvier, 75005 Paris.
Durée du stage : 4-6 mois à temps plein, à partir de janvier 2021.
Contexte : Le biomimétisme consiste à s’inspirer du vivant pour concevoir des produits, services, bâtiments intégrés dans les écosystèmes existants. Dans le monde de l’ingénierie, de nombreux projets s’inspirent d’organismes vivants et d’écosystèmes pour atteindre leurs objectifs : mais l’identification de ces modèles biologiques est rendue complexe par le fossé sémantique entre les disciplines, ainsi que par la diversité des supports de la donnée biologique (articles, textes, images, données de caractérisation…).
Ces dernières années ont ainsi vu l’émergence d’outils sémantiques et informatiques pour la fouille de la donnée et de la littérature biologique, avec notamment un développement d’ontologies transdisciplinaires, et d’outils d’IA pouvant s’adapter à la recherche utilisateurs autant qu’à la terminologie des différents domaines scientifiques d’intérêt pour la démarche biomimétique.
Quels outils numériques doivent être mis à disposition des équipes R&D pour réussir leur démarche biomimétique ? Peut-on rendre la fouille de la donnée biologique accessible à des non-biologistes via des algorithmes adaptés ? En particulier, pourrait-on tirer du savoir de la donnée-image qui soit utilisable lors d’un projet en biomimétisme ?
L’objectif de ce stage de recherche est de poser les premières pierres d’un outil d’analyse d’image pour la recherche en biomimétisme. Il s’agira, en regard de la littérature, d’implémenter des algorithmes adaptés pour interroger la donnée biologique « image », pour y identifier automatiquement des fonctions biologiques récurrentes, comme le vol, la nage, la couleur, et tout autre porte d’entrée fonctionnelle qui semblera pertinente.
Objectifs du stage
- Etablir un état de l’art sur l’utilisation de l’analyse d’image pour des applications en biodiversité et bio-inspiration.
- Créer des micro-prototypes d’outils informatiques pour l’interrogation de bases de données d’images contenues au MNHN ou sur les bases de données internationales (GBIF, EOL…).
- Participation aux groupes de travail sur la fouille de la donnée biologique aux côtés du Ceebios et du Muséum National d’Histoire Naturelle, qui pourra mettre à disposition de la donnée biologique.
Profil du candidat
Niveau de diplôme : Master 2 – Informatique, expérience en extraction et manipulation d’information image depuis le web, appétence pour l’Image Processing.
Plus d’infos sur les structures encadrantes :
www.ceebios.com et https://isyeb.mnhn.fr/fr/
Contacts
Ceebios – adrien.saint-sardos@ceebios.com — MNHN – LIS – regine.vignes-lebbe@mnhn.fr
